Le ministère en charge de la santé est responsable de l’élaboration du cadre réglementaire de la C2S et de l’habilitation des organismes complémentaires à gérer la C2S. Il est le garant de la mise en œuvre de la C2S, du suivi statistique des effectifs et des dépenses, de la conduite des actions de communication autour du dispositif ainsi que de la réalisation d’études et de travaux de recherche. A ce titre, il assure la coordination des différents acteurs prenant part à la mise en œuvre et au suivi de la C2S (associations, partenaires institutionnels, ordres médicaux, etc.).
La Caisse nationale d’Assurance maladie (CNAM) pilote le financement ainsi que le suivi comptable des dépenses relatives à la C2S. Son réseau de caisses locales (les CPAM) et les caisses des autres régimes d’assurance maladie assurent l’interface avec les demandeurs et les bénéficiaires de la C2S.
L’URSSAF-Caisse nationale est chargée de la fiabilisation et du contrôle des déclarations de taxe de solidarité additionnelle (TSA) effectuées par les organismes complémentaires. Une partie de cette taxe est affectée au financement de la C2S.